Вы вошли как Гость
Текущая дата: Пятница, 2024-04-26, 6:27 AM
|
Полуколичественная оценка ИГХ окрашивания
|
|
| Patologoanatom | Дата: Среда, 2007-07-11, 9:41 AM | Сообщение # 1 |
 ___
Группа: Администраторы
Сообщений: 755
Статус: Offline
| Ссылка на статью о морфологическом тестировании HER2–статуса при раке молочной железы. Показана методика балльной шкалы оценки – 0, 1+, 2+, 3+, разработанной Herceptest.
Сообщение отредактировал Patologoanatom - Понедельник, 2007-07-23, 6:47 AM |
| |
| |
| nottoforget | Дата: Вторник, 2008-03-11, 11:32 PM | Сообщение # 2 |
|
Рядовой
Группа: Пользователи
Сообщений: 2
Статус: Offline
| Уважаемые коллеги! Подскажите как рассчитывать микрососудистую плотность, суммарную площадь сосудов и суммарный периметр сосудистой стенки при окрашивании с ат к CD31 эндотелия сосудов в опухоли? К сожалению программного обеспечения не имею. Как посчитать вручную? Заранее спасибо!
|
| |
| |
| Vladpatholog | Дата: Среда, 2008-03-12, 12:28 PM | Сообщение # 3 |
 Генерал-лейтенант
Группа: Администраторы
Сообщений: 638
Статус: Offline
| Уважаемый nottoforget,
думаю Вам здорово поможет Patologoanatom, в этом отношении (когда-то мы обсуждали варианты обсчета количества сосудов при раке молочной железы по Chalkley, довольно интересная метода и позволяет работать прямо в микроскопе без предварительного фотографирования. Гляньте ЗДЕСЬ
У меня в диссертации использовались маркеры CD31 и CD34, подсчет как только не проводил, в итоге пришли коллегиально к выводу, что лучше и проще использовать сетку Автондилова с равноудаленными точками. Я эту сетку распечатал на принтере на прозрачку, потом прилепил к экрану монитора компьютера. Отфотографировал материал и далее просчитал долю точе приходящихся на позитивный продукт окрашивания - вполне работает, получается удельная площадь занимаемая эндотелием сосудов, можно запросто перевести в %. Все довольно просто. Попытки использования всякого рода программ ничем хорошим не закончились - они хватают все артефакты - не рекомендую.
С уважением, Владимир.
к.м.н, заместитель начальника Красноярского краевого патологоанатомического бюро.
|
| |
| |
| nottoforget | Дата: Среда, 2008-03-12, 7:47 PM | Сообщение # 4 |
|
Рядовой
Группа: Пользователи
Сообщений: 2
Статус: Offline
| Спасибо, Владимир! Обязательно воспользуюсь вашим советом.
|
| |
| |
| Patologoanatom | Дата: Четверг, 2008-03-13, 0:42 AM | Сообщение # 5 |
|
___
Группа: Администраторы
Сообщений: 755
Статус: Offline
| Уважаемые коллеги,
Подсчет микрососудистой плотности (microvascular density, MVD) по Chalkley требует использования специального окуляра с градуированной сеткой. Методики хорошо описаны в книге Breast Cancer Research Protocol на 175 стр.
Для того, чтобы попасть на искомую странцу в англоязычном Гугле набираете Quantitative Angiogenesis in breast cancer, затем переходите в правой стрелочке (more - books). Открываете книгу: "Breast Cancer Research Protocols - Page 161".
Что касается сетки Автандилова в исследовании MVD, мы тоже использовали с одним из студентов подсчет MVD. Фотографировали микропрепараты рака предстательной, окрашенные CD31, CD34. На картинку в Photoshop накладывали сетку 10х10, считали сосуды попадающие в квадрат. Давно дело было, тонкостей методы сходу не найти.
|
| |
| |
| new | Дата: Четверг, 2008-06-19, 0:35 AM | Сообщение # 6 |
|
Мастер цифровой микроскопии
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 27
Статус: Offline
| .... или стелать примерно так в ImageJ и фотошопе
|
| |
| |
| Patologoanatom | Дата: Четверг, 2008-06-19, 0:41 AM | Сообщение # 7 |
|
___
Группа: Администраторы
Сообщений: 755
Статус: Offline
| Уважаемый new,
Замечательная методика. Если уже опубликована Вами, поделитесь пожалуйста алгоритмом. Можно в закрытом научном разделе для патоморфологов.
|
| |
| |
| new | Дата: Четверг, 2008-06-19, 0:56 AM | Сообщение # 8 |
|
Мастер цифровой микроскопии
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 27
Статус: Offline
| Для более тонкой визуализации иммуногистохимической реакции в фоторедакторе Photoshop при помощи инструмента «color range» (рисунок 2.1-Б) выделяли характерную коричневую окраску, которую дают продукты реакции диаминбензидина, а окружающий фон удаляли при помощи инструмента «magic wand» (рисунок 2.1-В). Для восстановления непрерывности сосудистой стенки в местах артефактов окраски и для накрытия равномерной окраской просветa сосудов, чтобы сделать материал пригодным для автоматического просчета, использовали фильтр Gaussian blur с размытием в 6-8 пикселей - зависи от разрешения фотки (рисунок 2.1-г). На участках полей зрения, где вышеуказанная коррекция не приносила требуемого результата, использовался ручной подсчет. Снимки конвертировали в бинарный вид и проводили морфометрический просчет при помощи анализатора изображений WCIF ImageJ инструмент (particle analyzes). Естественно ат артефактов не избавишься- все зависит от качества ИГХ микропрепаратов, но все же может значительно облегчить рутину и посчитать ряд параметров (количество, площадь, периметр и т.д.) Если нужно несколько полей зрения в фотошопе склеиваются фотки. Конечно идеальный вариант Aperio сканер  . Удачи.
|
| |
| |
|
|
