Полуколичественная оценка ИГХ окрашивания - Форум
[ Новые сообщения · Участники · Правила форума · Поиск · RSS ]
Вы вошли как Гость
Текущая дата: Вторник, 2017-08-22, 2:49 AM

Страница 1 из 11
Форум » ИММУНОГИСТОХИМИЯ » Теоретические вопросы » Полуколичественная оценка ИГХ окрашивания
Полуколичественная оценка ИГХ окрашивания
PatologoanatomДата: Среда, 2007-07-11, 9:41 AM | Сообщение # 1
___
Группа: Администраторы
Сообщений: 750
Репутация: 11
Статус: Offline
Ссылка на статью о морфологическом тестировании HER2–статуса при раке молочной железы. Показана методика балльной шкалы оценки – 0, 1+, 2+, 3+, разработанной Herceptest.

Сообщение отредактировал Patologoanatom - Понедельник, 2007-07-23, 6:47 AM
 
nottoforgetДата: Вторник, 2008-03-11, 11:32 PM | Сообщение # 2
Рядовой
Группа: Пользователи
Сообщений: 2
Репутация: 0
Статус: Offline
Уважаемые коллеги! Подскажите как рассчитывать микрососудистую плотность, суммарную площадь сосудов и суммарный периметр сосудистой стенки при окрашивании с ат к CD31 эндотелия сосудов в опухоли? К сожалению программного обеспечения не имею. Как посчитать вручную? Заранее спасибо!
 
VladpathologДата: Среда, 2008-03-12, 12:28 PM | Сообщение # 3
Генерал-лейтенант
Группа: Администраторы
Сообщений: 638
Репутация: 13
Статус: Offline
Уважаемый nottoforget,
думаю Вам здорово поможет Patologoanatom, в этом отношении (когда-то мы обсуждали варианты обсчета количества сосудов при раке молочной железы по Chalkley, довольно интересная метода и позволяет работать прямо в микроскопе без предварительного фотографирования. Гляньте ЗДЕСЬ
У меня в диссертации использовались маркеры CD31 и CD34, подсчет как только не проводил, в итоге пришли коллегиально к выводу, что лучше и проще использовать сетку Автондилова с равноудаленными точками. Я эту сетку распечатал на принтере на прозрачку, потом прилепил к экрану монитора компьютера. Отфотографировал материал и далее просчитал долю точе приходящихся на позитивный продукт окрашивания - вполне работает, получается удельная площадь занимаемая эндотелием сосудов, можно запросто перевести в %. Все довольно просто. Попытки использования всякого рода программ ничем хорошим не закончились - они хватают все артефакты - не рекомендую.
С уважением, Владимир.


к.м.н, заместитель начальника Красноярского краевого патологоанатомического бюро.
 
nottoforgetДата: Среда, 2008-03-12, 7:47 PM | Сообщение # 4
Рядовой
Группа: Пользователи
Сообщений: 2
Репутация: 0
Статус: Offline
Спасибо, Владимир! Обязательно воспользуюсь вашим советом.
 
PatologoanatomДата: Четверг, 2008-03-13, 0:42 AM | Сообщение # 5
___
Группа: Администраторы
Сообщений: 750
Репутация: 11
Статус: Offline
Уважаемые коллеги,
Подсчет микрососудистой плотности (microvascular density, MVD) по Chalkley требует использования специального окуляра с градуированной сеткой. Методики хорошо описаны в книге Breast Cancer Research Protocol на 175 стр.
Для того, чтобы попасть на искомую странцу в англоязычном Гугле набираете Quantitative Angiogenesis in breast cancer, затем переходите в правой стрелочке (more - books). Открываете книгу: "Breast Cancer Research Protocols - Page 161".
Что касается сетки Автандилова в исследовании MVD, мы тоже использовали с одним из студентов подсчет MVD. Фотографировали микропрепараты рака предстательной, окрашенные CD31, CD34. На картинку в Photoshop накладывали сетку 10х10, считали сосуды попадающие в квадрат. Давно дело было, тонкостей методы сходу не найти.
 
newДата: Четверг, 2008-06-19, 0:35 AM | Сообщение # 6
Мастер цифровой микроскопии
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 27
Репутация: 4
Статус: Offline
.... или стелать примерно так в ImageJ и фотошопе
Прикрепления: 7273211.jpg(99Kb)
 
PatologoanatomДата: Четверг, 2008-06-19, 0:41 AM | Сообщение # 7
___
Группа: Администраторы
Сообщений: 750
Репутация: 11
Статус: Offline
Уважаемый new,
Замечательная методика. Если уже опубликована Вами, поделитесь пожалуйста алгоритмом. Можно в закрытом научном разделе для патоморфологов.
 
newДата: Четверг, 2008-06-19, 0:56 AM | Сообщение # 8
Мастер цифровой микроскопии
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 27
Репутация: 4
Статус: Offline
Для более тонкой визуализации иммуногистохимической реакции в фоторедакторе Photoshop при помощи инструмента «color range» (рисунок 2.1-Б) выделяли характерную коричневую окраску, которую дают продукты реакции диаминбензидина, а окружающий фон удаляли при помощи инструмента «magic wand» (рисунок 2.1-В). Для восстановления непрерывности сосудистой стенки в местах артефактов окраски и для накрытия равномерной окраской просветa сосудов, чтобы сделать материал пригодным для автоматического просчета, использовали фильтр Gaussian blur с размытием в 6-8 пикселей - зависи от разрешения фотки (рисунок 2.1-г). На участках полей зрения, где вышеуказанная коррекция не приносила требуемого результата, использовался ручной подсчет. Снимки конвертировали в бинарный вид и проводили морфометрический просчет при помощи анализатора изображений WCIF ImageJ инструмент (particle analyzes). Естественно ат артефактов не избавишься- все зависит от качества ИГХ микропрепаратов, но все же может значительно облегчить рутину и посчитать ряд параметров (количество, площадь, периметр и т.д.) Если нужно несколько полей зрения в фотошопе склеиваются фотки. Конечно идеальный вариант Aperio сканер biggrin . Удачи.
 
Форум » ИММУНОГИСТОХИМИЯ » Теоретические вопросы » Полуколичественная оценка ИГХ окрашивания
Страница 1 из 11
Поиск: