Вы вошли как Гость
Текущая дата: Суббота, 2017-09-23, 9:21 PM
| Анализ цифровых изображений |
| new | Дата: Среда, 2008-07-23, 11:29 PM | Сообщение # 31 |
|
Мастер цифровой микроскопии
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 27
Репутация: 4
Статус: Offline
| Имел дело только с демо-версией Видеотеста, есть полная, но нет HASP ключика или его эмулятора эмулятора  .
Данную задачу можно решить при помощи программы WCIF ImageJ- первый, более простой способ при помощи инструмента colour deconvolution и фильтра H&DAB в меню plugins- данный инструмент выделяет слои, которые дает гематоксилин и даб, далее стандартная бинаризация и подсчет при помощи инструмента analyze particles. Способ 2-й- более сложный, но более точный так позволяет оценить интенсивность: в меню plugins- segmentation, находим пункт colour based threshholding, в котором выделяем спектр который дает даб (вручную или показав программе образец ) и выставляем порог интенсивности который нас интересует.
Болле подробно эти шаги описаны в мануале к проге (на английском языке).
Удачи!!!!
|
| |
|
| |
|
| morfologN | Дата: Четверг, 2008-07-24, 10:49 AM | Сообщение # 32 |
 Рядовой
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 5
Репутация: 0
Статус: Offline
| Cпасибо за отклики! К сожалению, я "чайник" в общении с интернетом. Из форума поняла, что до ImageScope можно добраться по ссылке, предоставленной уважаемым Pathologoanatom, и скачать,кажется, бесплатно. Хотелось бы также попробовать программу, рекомендованную Мастером. Каким образом можно ее приобрести? Главное, что полуколичественной оценки мне недостаточно, нужны показатели, который можно статистически обработать, може быть интенсивность, площадь позитивной окраски или т.п.
врач-патоморфолог, к.м.н., старший научный сотрудник Института иммунологии и физиологии УрО РАН Екатеринбург.
|
| |
|
| |
|
| new | Дата: Четверг, 2008-07-24, 6:05 PM | Сообщение # 33 |
|
Мастер цифровой микроскопии
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 27
Репутация: 4
Статус: Offline
| Ссылка на ImageJ: http://www.uhnresearch.ca/facilities/wcif/fdownload.html
|
| |
|
| |
|
| morfologN | Дата: Воскресенье, 2008-07-27, 1:00 PM | Сообщение # 34 |
|
Рядовой
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 5
Репутация: 0
Статус: Offline
| Спасибо! Буду осваивать 
врач-патоморфолог, к.м.н., старший научный сотрудник Института иммунологии и физиологии УрО РАН Екатеринбург.
|
| |
|
| |
|
| niksavelov | Дата: Вторник, 2008-07-29, 2:49 PM | Сообщение # 35 |
|
Профессионал
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 41
Репутация: 3
Статус: Offline
| Уважаемые коллеги! Захотел поработать с ImageScope (до этого все интересующие меня манипуляции с изображением производил исключительно в фотошопе), но у меня не получается открыть изображение. То есть вроде файл открывается (как tiff, так и jpeg), а самой картинки не видно. Может кто-то сталкивался с подобной проблемой? 
Никита Савёлов
|
| |
|
| |
|
| Vladpatholog | Дата: Вторник, 2008-07-29, 3:35 PM | Сообщение # 36 |
 Генерал-лейтенант
Группа: Администраторы
Сообщений: 638
Репутация: 13
Статус: Offline
| Да вроде работает, попробуйте открыть через выбор программ, правой клавишей мыши. А вообще не очень люблю эту программу, предпочитаю использовать ImageTool очень доволен. СКАЧАТЬ. Давно пользуюсь, очень доволен, откаллибровал и вперед.
С уважением, Владимир.
|
| |
|
| |
|
| Patologoanatom | Дата: Среда, 2008-07-30, 1:57 AM | Сообщение # 37 |
 ___
Группа: Администраторы
Сообщений: 752
Репутация: 11
Статус: Offline
| Quote (niksavelov) То есть вроде файл открывается (как tiff, так и jpeg), а самой картинки не видно. Может кто-то сталкивался с подобной проблемой?
Уважаемый niksavelov, встречался с такой проблемой котгда загружал большие файлы (tissue microarrays), отсканированные другими системами, нпример ACIS.
Но при изменении двигании полоски Zoom изображение появляется.
Интересно, что Picasa Google открывает такие картинки без проблем.
|
| |
|
| |
|
| niksavelov | Дата: Четверг, 2008-07-31, 11:11 AM | Сообщение # 38 |
|
Профессионал
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 41
Репутация: 3
Статус: Offline
| Большое спасибо за советы. Правда пока ни изменением разрешения и размера изображения, а так же перекодировкой в формат jp2 проблемму решить не удалось. Может всё дело в несовместимости с операционной системой? В любом случае пока возню с программой прекратил и отдал дистрибутив поиграться на кафедру "Компьютерные медицинские системы" в МИФИ - они вроде всем этим интересуются.
Никита Савёлов
|
| |
|
| |
|
| new | Дата: Среда, 2008-08-06, 1:49 AM | Сообщение # 39 |
|
Мастер цифровой микроскопии
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 27
Репутация: 4
Статус: Offline
| Quote (niksavelov)
То есть вроде файл открывается (как tiff, так и jpeg), а самой картинки не видно. Может кто-то сталкивался с подобной проблемой? Хотелось бы знать под какой версией Windows установлена программа, замечал глюки на Windows 98, под ХР работает нормально, я бы порекомендовал деинсталировать программу, выполнить очистку реесстра программами типа RegCleaner или RegOrganizer, установить DirectX 9, и установить программу заново, должно заработать, если не заработает попробовать на другом компе или переустановить систему.
|
| |
|
| |
|
| Vikt | Дата: Суббота, 2010-10-02, 5:00 PM | Сообщение # 40 |
|
Рядовой
Группа: Патоморфологи
Сообщений: 1
Репутация: 0
Статус: Offline
| Уважаемые патоморфологи, при работе с Aperio ImageScope столкнулась с такой проблемой, что рассчитанная средняя интенсивность высокопозитивного пикселя была ниже чем умеренно-позитивного, а умеренно-позитивного - ниже, чем слабопозитивного. Хотя данные визуальной оценки коррелировали с числовыми показателями высоко-, умеренно- и слабопозитивных пикселей, которые выдаются программой. Как это можно объяснить? И, в связи с этим, может нужна какая-то корректировка
|
| |
|
| |
|
| Avastin | Дата: Воскресенье, 2012-03-04, 8:09 AM | Сообщение # 41 |
 Рядовой
Группа: Пользователи
Сообщений: 3
Репутация: 0
Статус: Offline
| Доброго времени суток, уважаемые участники форума!
Работал ли кто с программой Quantimet 500, охарактеризуйте её, пожалуйста, вкратце; напоминает ли она упомянутую ImageJ? Можно ли найти хотя бы пробные версии Quantimet или её подробное описание? Существуел ли, вообще, понятие стандартной программы по морфометрии?
|
| |
|
| |
|
| Vladpatholog | Дата: Воскресенье, 2012-03-04, 9:05 AM | Сообщение # 42 |
|
Генерал-лейтенант
Группа: Администраторы
Сообщений: 638
Репутация: 13
Статус: Offline
| Этой программой не работал. Касательно стандартной программы - не уверен, что такое понятие имеетместо. Программа либо подходит для решения поставленной задачи, либо нет. Для рростых измерений меня в свое время вполнеудовлетворила простая и бесплатная. ImagTool. Измерял линейные разменры и площади.
С уважением.
|
| |
|
| |
|
| Avastin | Дата: Воскресенье, 2012-03-04, 1:11 PM | Сообщение # 43 |
|
Рядовой
Группа: Пользователи
Сообщений: 3
Репутация: 0
Статус: Offline
| Большое спасибо Вам за ответ!
Возможно ли при калибровке в программе использовать неоригинальные фотографии объект-микрометра (в виду отсутствия такового), а сделанные для этих же целей на другом микроскопе, но аналогичной модели (меня интересует Leica)? Может у кого-нибудь сохранились подобные фото? Возможно ли разместить эти файлы здесь? Заранее спасибо за помощь!
|
| |
|
| |
|
| Vladpatholog | Дата: Понедельник, 2012-03-05, 5:21 PM | Сообщение # 44 |
|
Генерал-лейтенант
Группа: Администраторы
Сообщений: 638
Репутация: 13
Статус: Offline
| Очень сомневаюсь в успехе мероприятия. Мало того, что нужен точно такой же микроскоп с точно такой же оптикой, дак нужны точно такие же условия съемки объекта! Это значит та же камера с теми же настройками и т.д. ищите лучше объект-микрометр.
|
| |
|
| |
|
| Avastin | Дата: Понедельник, 2012-03-05, 6:57 PM | Сообщение # 45 |
|
Рядовой
Группа: Пользователи
Сообщений: 3
Репутация: 0
Статус: Offline
| Спасибо за разъяснение ситуации! Буду искать.
|
| |
|
|
|
|
